锅炉除尘器的运行阻力主要由机械阻力和滤袋阻力组成。机械阻力主要取决于锅炉除尘器本身的结构，袋式阻力主要取决于滤袋的材料和滤袋的清洗效果。结构设计不合理会使设备运行阻力偏高，合理的结构设计其本体阻力在400Pa左右，进出风支管风速应小于10m/s。锅炉除尘器在正常运行时的阻力一般在800~1200 Pa之间，在滤袋寿命较晚的情况下，运行阻力将增加，在1500 Pa时基本稳定。因为锅炉除尘器的阻力是1000 Pa。运行几个月后，阻力提高到1800 Pa，基本排除了袋式过滤机结构和材料的原因。当除尘器处理高温、高湿的气体的时候，如果运行中气体温度低于露点，水汽会冷凝结露，使布袋受潮，大量粉尘黏附在滤袋的表面，堵塞滤袋的孔隙，并且喷吹压缩空气也无法清理，造成滤袋糊袋。产生糊袋的除尘器清灰功能失效，阻力过大，运行状况恶化。粉尘浓度过高时，颗粒之间的碰撞几率增大，使得颗粒粘附在一起，这对除尘器的运行阻力也会造成一定影响。同时，浓度的增大也就意味着在单位时间内滤袋单位面积上附着的粉尘厚度会增大，所产生的压力损失也会随之增大。这种情况下常常会通过提高清灰频率来使设备正常工作，但这会使滤袋膨胀频率提高，滤袋与袋笼摩擦加剧，使得滤袋寿命降低，滤料失效。滤料失效会反过来导致滤袋压损增加，设备运行阻力提高。如果过滤气速超过滤袋的设计标准，则极易导致微细粉尘卡在滤袋纤维内，造成滤袋堵塞，运行阻力增加。设备通常在负压状态下工作，如果设备泄漏，会吸入大量空气和雨水，使 滤袋受潮板结，加大运行阻力。当清灰系统非正常工作时，清灰工作不能有效进行，将直接导致运行阻力偏高。除了各电气元件是否正常工作外，对于离线清灰的锅炉除尘器，如提升阀控制系统故障，阀门无法正常打开，对应箱室始终处于离线状态时，会导致整体过滤面积降低，即部分箱室处于非工作状态，这样将使得设备运行阻力始终偏高，这种情况在实际生产中常有发生。锅炉除尘器一般采用压缩空气进行喷吹清灰，压缩空气含有较多油、水、杂质，如不经过净化直接喷入滤袋内，会使滤袋受污受潮导致结露糊袋，导致锅炉除尘器运行阻力增加。
