由于生物质锅炉烟尘的特性，只能选择布袋除尘器设备除去烟尘。生物质锅炉燃料主要有两大类：一类主要是木材加工后产生的锯末刨花之类： 有木屑颗粒燃料、锯末颗粒燃料等。另一类主要是秸秆农作物等，压成块状的燃料： 象秸秆压块燃料、花生壳压块燃料还有糠醛渣制成压块燃料等。生物质锅炉在燃烧这些燃料时，排烟道不可避免的会有未燃尽的火花，布袋除尘器在处理这些烟尘时，如果不采取防止火星进入布袋除尘器的措施，那么这些火星就很容易将布袋烧毁，造成不必要的损失。
生物质锅炉除尘器其处理的工艺是锅炉产生的烟气，由吸尘管道进入旋风除尘器，此时烟尘中的大颗粒在旋风除尘器的离心力的作用下进行分离，大颗粒粉尘由旋风除尘器排出，细小颗粒粉尘进入布袋除尘器。经过滤袋过滤，通过脉冲吹打将粘附在布袋表面的粉尘先集中在除尘器的灰斗内，利用下料控制器进行回收或利用。经布袋除尘器处理过后的净气通过风机由烟囱排入大气。经过布袋除尘器对锅炉含尘烟气的处理，可减小烟尘对周边环境的污染，达到清洁的生产目的。
设计使用生物质锅炉除尘器应特别注意的事项：生物质锅炉的烟尘微细且易夹带未充分燃烧的细小秆状物或碳化物，易产生二次燃烧的。在布袋除尘器前应设置旋风分离器，作为燃烧沉降室，旋风分离器顶端布置雾化增湿装置，对烟气进行调质，通过温湿度控制仪控制雾化量，防止烟温过高损坏滤袋，由于有增湿雾化过程，有利于增加细粉的积聚能力，同时增加细小秆状物或碳化物的重度，以达到预除尘效果。布袋除尘器前因设置了喷粉系统，可以将未被旋风分离器去除的小颗粒粉尘进行包裹，利于清灰。燃烧粉尘中含有黏滞性成分易造成黏袋的，应在旋风分离器与布袋除尘器之间的烟道上设置喷粉系统。
