脉冲布袋式除尘器一般有两种清灰方法，一种是定压清灰，一种是定时清灰。定压清灰就是把脉冲布袋式除尘器的压差值设定在一个固定值，当除尘器的压差低于设定值就不清灰，当压差值达到设定值会就按设定程序与设定时间进行清灰。这种清灰的节能效果好，在总的清灰时间上能够缩短，节约压缩空气。定时清灰就是按规定设置的程序与时间频率清灰，不管压差多少就按时间清灰，这种清灰在清灰效果较好或者滤袋过滤情况好的情况下，会造成压缩空气的浪费。大多数企业都是设定的定时清灰，即使是所有滤袋全部更换后都没有按定压方式清灰。因此建议企业能够优先采用定压清灰。设定压力根据各企业有所不同，一般在800-1200Pa，同时有可能在使用过程中，滤袋过滤效果逐渐变差会增加设定值。
脉冲布袋式除尘器的清灰时间主要有每行脉冲喷吹时间（喷气时间），有提升阀下降至喷气时间间隙，有喷气完成后下一行喷气之间的间隙，有室与室之间的间隔清灰时间，有一个循环后再次喷吹的间隔时间。在这几个时间中，喷气时间是最主要的，是保证清灰效果的时间。同样的压力下，喷气时间长，清灰效果好，喷气时间短，清灰效果差。但是喷气时间过长，可能由于气压不足，或者已经清灰干净后，后面喷入的压缩空气就是浪费了。这个时间一般设置为0.08-0.1s，有些企业设置到0.06s就达到清灰效果，有些企业要设置到0.12-0.14s才能达到清灰效果，因此差距很大。各企业需要自己调整合适的时间，既保证清灰效果（压差不上升），又尽量把清灰喷气时间缩短。0.06s与0.12s数字看起来很小，其实用气量就差了一倍。
脉冲布袋式除尘器的运行监控技术也有很大的进步。现目前有脉冲布袋式除尘器在线监控系统。这个系统可以监控每行喷吹的时间、压力，每个室压差，那里有破袋等都可以在监控画面上显示出来，这种清灰喷气方式就是定压清灰的升级版，把整个除尘器的压差分为监控每个室的压差，针对每个室的压差进行分别有区别的喷气清灰，压差大的风室加强清灰，压差小的减少清灰频次。另外还可以监控每个喷吹管是否有漏气，也可以检测粉尘浓度等。所以这种系统既可以有效节约能耗，也可以监控颗粒物的排放，节能环保两兼顾。
